1922年回國(guó)后，先去安徽蕪湖省立第二農(nóng)業(yè)學(xué)校任教，后到上海任中華農(nóng)學(xué)會(huì)司庫(kù)、總干事，主編《新農(nóng)業(yè)季刊》。1925年，在上虞嶺南鄉(xiāng)泰岳創(chuàng)辦茶葉公司，任經(jīng)理。積極支持章錫琛創(chuàng)辦《新女性》雜志及開(kāi)明書(shū)店。1927年“四一二”政變時(shí)，與胡愈之等在上�！渡虉�(bào)》發(fā)表給國(guó)民黨中央的聯(lián)名公開(kāi)信，提出抗議，此事被周恩來(lái)稱(chēng)為“中國(guó)正直知識(shí)分子的大無(wú)畏壯舉。”1928年任上海園林試驗(yàn)場(chǎng)場(chǎng)長(zhǎng)，次年任浙江省建設(shè)廳合作事業(yè)管理室主任。1931年他應(yīng)邀到上海商品檢驗(yàn)局任技正兼茶葉檢驗(yàn)處處長(zhǎng)，后又兼任浙、皖、贛等省茶葉改良場(chǎng)場(chǎng)長(zhǎng)。他深感要振興中國(guó)茶葉必須對(duì)茶葉的產(chǎn)制運(yùn)銷(xiāo)進(jìn)行全面改革，為此寫(xiě)了《中國(guó)茶葉問(wèn)題》、《中國(guó)茶葉復(fù)興計(jì)劃》等書(shū)。1933年，與陳翰笙、薛暮橋、孫冶方等發(fā)起組織中國(guó)農(nóng)村經(jīng)濟(jì)研究會(huì)，任常務(wù)理事。1934年至1935年，由國(guó)民政府實(shí)業(yè)部資助，去印度、錫蘭、印度尼西亞、日本、英國(guó)和蘇聯(lián)考察生產(chǎn)銷(xiāo)售措施和國(guó)際茶葉市場(chǎng)情況，熱切希望引進(jìn)先進(jìn)技術(shù)和經(jīng)驗(yàn)，振興華茶。他倡導(dǎo)在茶區(qū)舉辦茶農(nóng)生產(chǎn)運(yùn)銷(xiāo)合作社，以抵制洋商的壟斷和中間盤(pán)剝。為此，他于1936年建議成立了中國(guó)茶葉公司，任總技師。同年，在嵊州三界創(chuàng)辦了浙江茶葉改良場(chǎng)，抗戰(zhàn)開(kāi)始后，在武漢、重慶任貿(mào)易公司副總經(jīng)理，籌辦茶葉對(duì)外出口貿(mào)易。1940年秋，促成復(fù)旦大學(xué)農(nóng)學(xué)院茶葉系和茶葉專(zhuān)修科的建立，為中國(guó)第一個(gè)高等院校茶葉專(zhuān)業(yè)系，任教授，系主任。同年加入中國(guó)民主革命同盟，和梁希等人推動(dòng)和主持中華農(nóng)學(xué)會(huì)的工作，團(tuán)結(jié)了一批農(nóng)業(yè)科學(xué)工作者，并參加爭(zhēng)取民主憲政等社會(huì)政治活動(dòng)。1941年，他又在福建崇安設(shè)立我國(guó)第一個(gè)茶葉研究機(jī)構(gòu)——中國(guó)茶葉研究所，任所長(zhǎng)�？谷諔�(zhàn)爭(zhēng)勝利后，他在1946年與友人共同創(chuàng)辦了上海興華制茶公司，任總經(jīng)理。1947年又創(chuàng)辦了之江機(jī)械制茶廠，任董事長(zhǎng)。解放戰(zhàn)爭(zhēng)時(shí)期，他在黨的直接領(lǐng)導(dǎo)下，利用其社會(huì)聲望及工作條件，盡力掩護(hù)黨的地下工作人員，宣傳黨的政策，調(diào)查分析國(guó)民黨統(tǒng)治區(qū)形勢(shì)，營(yíng)救遇難同去，他還按中共的要求，參與創(chuàng)辦了現(xiàn)代經(jīng)濟(jì)通訊社，任董事長(zhǎng)，并擔(dān)任我黨開(kāi)設(shè)的合眾企業(yè)公司的常務(wù)董事，設(shè)法運(yùn)輸并接濟(jì)解放區(qū)各種急需物資。1949年秋，他以社會(huì)科學(xué)界代表身份參加中國(guó)人民政治協(xié)商會(huì)議第一屆全體會(huì)議，參與制訂了《共同綱領(lǐng)》和籌建中華人民共和國(guó)的工作，出度了開(kāi)國(guó)大典。新中國(guó)成立后，吳覺(jué)農(nóng)被任命為中央人民政府農(nóng)業(yè)部副部長(zhǎng)兼中國(guó)茶業(yè)公司總經(jīng)理。并先后擔(dān)任中國(guó)農(nóng)學(xué)會(huì)副理事長(zhǎng)、名譽(yù)會(huì)長(zhǎng)，中國(guó)茶葉學(xué)會(huì)副理事長(zhǎng)、名譽(yù)理事長(zhǎng)。他在主持中茶公司期間，在全國(guó)建立了較完整的茶葉產(chǎn)銷(xiāo)體系，積極開(kāi)展對(duì)外貿(mào)易，在各主要產(chǎn)茶區(qū)建立了各種類(lèi)型的機(jī)制茶廠，同時(shí)組織建立和擴(kuò)大茶葉教學(xué)、科研機(jī)構(gòu)，以提高產(chǎn)制運(yùn)銷(xiāo)技術(shù)，培養(yǎng)專(zhuān)業(yè)人才。粉碎“四人幫”后，他心情激奮，雖年逾八旬，仍以極大的熱情參與各項(xiàng)考察和學(xué)術(shù)活動(dòng)、親赴邊疆地區(qū)調(diào)查研究，并對(duì)發(fā)展茶葉出口創(chuàng)匯，提出了一些全局性的宏觀管理改革意見(jiàn)。他幾十年如一日地從事茶葉史料的搜集和研究，發(fā)表了大量精湛的茶葉論著，在90高齡時(shí)還撰寫(xiě)主編了其最后一部著作《茶經(jīng)述評(píng)》。他的著作豐富了祖國(guó)茶葉的歷史文庫(kù)。在近70多年歲月里，他為振興祖國(guó)茶葉事業(yè)作出了重要貢獻(xiàn)，被譽(yù)為“當(dāng)代茶圣”。
吳覺(jué)農(nóng)生前情系故土，十分關(guān)心紹興人民的生活與茶業(yè)生產(chǎn)的發(fā)展，曾多次返鄉(xiāng)視察，在上虞與嵊州創(chuàng)辦茶場(chǎng)，引進(jìn)良種，培養(yǎng)人才，極大地促進(jìn)了紹興茶業(yè)的發(fā)展。
1989年10月28日，吳覺(jué)農(nóng)因病在北京去世，終年92歲。
1990年10月28日至30日，紀(jì)念吳覺(jué)農(nóng)逝世一周年暨骨灰安放儀式、吳覺(jué)農(nóng)學(xué)術(shù)思想研討會(huì)在上虞舉行。吳覺(jué)農(nóng)墓建在風(fēng)景秀麗的百官龍山，實(shí)現(xiàn)了他魂歸故土的遺愿
